原因としてまず考えられるのは、以下の2つです。
それぞれの解決方法をご提案します。
1.データの量が多くなり過ぎている
古いシステムとデータベースを使っていると、日々増えるデータの量が当初の設計で想定した範囲を超えてしまう状態になってきます。この場合に有効なのは、データの「断捨離」です。現在の業務と照らして、本当に必要なシステムの機能とデータを考え、設計し直すことをお勧めします。
2.適切なデータの扱いができていない
少ないデータでは不要ですが、それなりの量のデータを扱う場合には、その使い方に合ったインデックスを作っておく必要があります。しかし、そもそもインデックスがなかったり、後から拡張した機能のためのインデックスが不足しているといった場合には、うまくデータを扱うことができず、検索や集計に時間がかかってしまいます。このケースでも、システムの機能とデータの再設計をお勧めします。